Die KZ-Häftlinge mussten die Stollenanlage zur unterirdischen Raketenfabrik ausbauen. Ein oberirdisches Lager gab es anfangs nicht, die Häftlinge verbrachten Tag und Nacht unter der Erde. Tausende starben bereits in den ersten Monaten. 1944 begann die Produktion der V2-Raketen im Kohnstein. Die meisten Häftlinge mussten jedoch Zwangsarbeit auf Baustellen verrichten, denn in zahlreichen Bauvorhaben sollten weitere unterirdische Produktionsstätten der Rüstungsindustrie entstehen. Das Lager Dora und das Netz der Außenlager wurden im Herbst 1944 zum eigenständigen KZ Mittelbau zusammengefasst, zu dem am Ende 40 Lager gehörten. Das größte Außenlager mit durchschnittlich 8.000 Häftlingen war Juliushütte in Ellrich, heute ein Gedenkort.

Die Gedenkstätte versteht sich als „europäischer Lern- und Gedächtnisort“. Neben der Dauerausstellung zur Entstehung und Funktion des Lagers bietet die Gedenkstätte Führungen im Lagergelände und in der Stollenanlage an. Mehrsprachige Multimedia-Guides ermöglichen einen individuellen Rundgang. Neben der Forschung ist ein zentraler Schwerpunkt der KZ-Gedenkstätte ist die Bildungsarbeit, insbesondere mit Jugendlichen.